托盤系統設計是物流信息托盤系統開發過程中另一個重要階段。托盤系統設計階段根據托盤系統分析的結果，在已經獲得批準的托盤系統分析報告的基礎上，進行新托盤系統設計。
托盤系統設計包括兩個方面，首先是總體結構的設計，其次是具體物理模型的設汁。托盤系統設計的主要目的就是為下一階段的托盤系統實現制定藍圖。托盤系統設計階段的主要任務就是在各種技術和實施方法中權衡利弊，精心設計，合理地使用各種資源，最終勾畫出新托盤系統的詳細設計方案托盤系統切換后可開始投入運行。托盤系統運行包括托盤系統的日常操作、維護等。任何一個托盤系統都不是一開始就很好的，總是經過多重的開發、運行、再開發、冉運行的循環不斷上升的。開發的思想只有在運行中才能得到檢驗，而運行中不斷積累問題是新的開發思想的源泉。
隨著托盤物流信息化作用的增加，物流信息托盤系統主管部門在企業中的地位越來越高，信息托盤系統的組織也越來越健全和龐大。托盤系統運行管理制度是托盤系統管理的一個重要內容，是確保托盤系統按預定目標運行并充分發揮其效益的一個必要條件，它通常應該包括托盤系統運行的組織機構、基礎數據管理、運行制度管理、托盤系統運行結果分析等內容。通過托盤系統測試，應用軟件的錯誤應該已經基本排除，但是并不能保證排除了全部的錯誤，也不能保證不出現新的錯誤。
因此，在托盤系統運行之后，仍然需要進行托盤系統的正確性維護。該階段可能出現的錯誤主要有：托盤系統測試階段尚未發現的錯誤；輸入檢測不完善或鍵盤屏蔽不全面引起的輸入錯誤；以前未遇到過的數據輸入組合或數據量增大引起的錯誤。對于影響托盤系統運行的嚴重錯誤，必須及時進行修改，而且要進行復查。托盤系統的日常使用維護。除了托盤系統的硬件維護和軟件維護，托盤系統在日常使用過程中也有很多維護性的工作，如定期預防性的硬件維護、軟件托盤系統的日常維護。對于托盤系統的硬件托盤系統，不僅需要進行適時的更新和災發性故障的維修，而且需要進行定期的預防性維護，例如在每周或每月同定的時間對托盤系統硬件進行常規性檢查和保養。定期進行硬件托盤系統的維護可以減少以后的托盤系統維護工作量，降低維護的費用。
